負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開等工作。牽頭起草口岸管理規章制度，組織擬訂口岸發展規劃、電子口岸規范并協調實施，牽頭擬訂口岸安全聯合防控工作制度，協調口岸通關中各部門的工作關系，指導和協調地方政府口岸工作。

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